Công ty CP Dược Danapha với tiền thân là Xưởng dược miền Trung trung bộ, được thành lập và phát triển tại chiến khu 5 trong thời kỳ kháng chiến chống Mỹ cứu nước.

- Từ cuối năm 1959, Khu bộ khu 5 đã có một kho thuốc nhỏ từ miền Bắc chuyển vào theo đường dây 559, đặt tại làng Tắc Chum, xã Trà Mai, huyện Trà My (nay là Nam Trà My, tỉnh Quảng Nam).

- Tháng 04/1965: Ban Y tế khu 5 quyết định thành lập Xưởng dược khu trung trung bộ - mật danh K.25; (Xưởng thuỷ tinh khu 5 - mật danh K.35 cũng được thành lập trong thời gian này)

- Từ năm 1969 - 1972: Xưởng dược và xưởng thuỷ tinh sáp nhập làm một lấy tên xưởng dược Miền trung trung bộ - mật danh K.60.

- Năm 1967:  Ban y tế khu 5 quyết đinh thành lập Xưởng dược Quảng Nam và Quảng Đà.

- Năm 1976: Xí nghiệp Dược phẩm Quảng Nam Đà Nẵng thành lập trên cơ sở hợp nhất ba đơn vị: Xưởng dược khu trung trung bộ (K.25), Xưởng dược Quảng Nam và Xưởng dược Quảng Đà.

- Năm 1980: Xí Nghiệp Dược phẩm Quảng Nam - Đà Nẵng tiếp nhận  Công Ty dược liệu Quảng Nam - Đà Nẵng được sáp nhập về xí nghiệp.

- Tháng 12/1981: UBND Tỉnh QN-ĐN quyết định thành lập Xí nghiệp Liên hợp Dược Quảng Nam Đà Nẵng trên cơ sở hợp nhất hai đơn vị: Xí nghiệp Dược phẩm QN – ĐN  và Công Ty Dược QNĐN.

- Năm 1987: Trạm nghiên cứu dược liệu Quảng Nam - Đà nẵng được sáp nhập vào Xí nghiệp liên hợp Dược QNĐN.

- Tháng 10/1992: UBND Tỉnh QN-ĐN quyết định tách khối sản xuất và lưu thông của Xí nghiệp liên hợp để thành lập hai đơn vị : Xí nghiệp dược phẩm Đà Nẵng và Công Ty dược phẩm Quảng Nam - Đà Nẵng (Công ty CP Dược & Thiết bị Y tế DAPHARCO ngày nay)

- Năm 1996: Xí nghiệp Dược phẩm Đà Nẵng được Bộ y tế tiếp nhận làm thành viên của Tổng Công ty Dược việt Nam và đổi tên thành Xí nghiệp dược phẩm TW 5.
- Tháng 10/2006: Được sự đồng ý của Bộ Y Tế và Tổng Công ty Dược VN, Xí nghiệp Dược phẩm TW5 tiến hành Đại hội cổ đông lần đầu thành lập công ty cổ phần.

- Ngày 01/01/2007: Công Ty Cổ Phần Dược Danapha chính thức đi vào hoạt động dưới hình thức sở hữu mới: công ty cổ phần.

- Ngày 23/8/2009: khởi công xây dựng nhà máy Công nghệ dược nano-liposome.

- Tháng 10/2009: thành lập Công ty Cổ phần Dược Danapha – Nanosome (DANOSOME)

- Ngày 6/11/2010: Khánh thành Nhà máy GMP WHO Đông Dược hoàn thiện nhất Việt Nam tại khu Công nghiệp Hòa Khánh, Quận Liên Chiểu, Tp Đà Nẵng.